python
意味無くSwissprotの ftp://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/complete/uniprot_sprot.dat.gz からデータをダウンロード，解凍しパースしましょう． from Bio import SwissProt records = SwissProt.parse(open("unipro…
今日は 梅.py [梅田でごはん。] 新年会(?) に参加してました。 場所は天神橋5丁目の玉一という韓国焼肉屋でした。参加者は僕と @whosaysni さん, @lab1092 さん, @kfuruhata さん[twitterアカウント]の４人でした。どんな話をしていたかというと - Blenderに…
最近はbiopythonもcvs以外にgithubでソース管理してるみたいです。そこで最近なりのbiopython環境構築方法まとめてみます。 biopythonのdependenciesにはnumpy, reportlab, MySQLdb, flexといったものがありますが、とりあえずnumpy以外のは絶対必要ってわけ…
酵素情報データベースBRENDAは今年から結構まともなWebserviceを提供している。 http://www.brenda-enzymes.info/soap/ 上記ページではPHPとPythonでの使用例を挙げてくれている。 Pythonからの使用例中では大概返ってくる型がdictionaryになっているのだが…
いろいろあるぽいが下記リンクの設定方法が一番楽と思った。 http://moinmo.in/FeatureRequests/DisableUserCreation#Solution_for_1.7wikiconfig.pyに以下の内容を挿入する。 # stop new accounts being created actions_excluded = DefaultConfig.actions_…
def split_seq(seq, size): return [seq[i:i+size] for i in range(0, len(seq), size)] KEGG API 使う時に100個ごとクエリ投げる時とか用。
一昨日から京都で行われた Python お泊まり会に参加してました。四条大宮のホテルの大部屋を２部屋使って、片方でhackして、寝る時はもう片方の部屋へ行くという感じでした。id:kfuruhataさん shunuhsさん ryouseiさん kawanoさん とは初対面でした。第0回Py…
去年のことなんですが第0回Python旅館に行ってました。 今月に第1回があるみたいです。 やってたこととか思いつくままに箇条書きします。 最中限 Python温泉でも傍目で見てたんですが、今回初めてルールを教えてもらって対戦してもらうことでその面白さがわ…
今日，Python忘年会に行ってきました． Python旅館にも参加してたんですが，先に忘年会の感想書きます． とりあえず聞いたことを思いつくままに箇条書きします． Kansai.ARについて Augmented Realityがどゆもんか聞いた あとPTAMとか NAISTの人が主催らしい…
sudo easy_install Mercurial (中略) error: Setup script exited with error: command 'gcc' failed with exit status 1こういうエラー出たら it probably means you don't have the "python-dev" package installed.ってことらしいので sudo aptitude inst…
以前のエントリにも書いたがmacportsでpython2.5入れる場合 To fully complete your installation and make python 2.5 the default, please run sudo port install python_select sudo python_select python25 であるのでpython_selectやっとこう。
id:a2c さんのエントリ http://d.hatena.ne.jp/a2c/20081026/1224981769 にid:ka-nachtさんがコメントしてた。 nnoremap <silent> <C-p> :<C-u>execute '!' &l:filetype '%'<Return> でも同じことができるらしい。 id:ka-nachtさんのVimスクリプトの方が理解し易そうだったので http://</return></c-u></c-p></silent>…
24-6日の間、python温泉に参加してました。(初めての参加)やることには djangoやる(djangoまだやったことなかったので、簡単なサンプルでもいいからできればいいか、聞けるだろうし、みたいな) django本にサインもらう とか考えてたんですが、実際には iTerm…
以前PySmell導入しようして挫折したとか言ってましたが、id:ka-nachtさんが http://www.lingr.com/room/vim-users.jp でいろいろ教えてくれたりして使えるようになったぽいす。 virtual-pythonのインストール wget http://peak.telecommunity.com/dist/virtu…
PySmellを以下の様に試したのですが、撃沈しました。 tar zxvf pysmell-0.6.tgz mkdir ./hoge export PYTHONPATH=~/hoge mv pysmell ~/hoge cd ~/hoge/pysmell ./pysmell.py . でタグができます。 タグの内容の頭。 $ head PYSMELLTAGS {'CLASSES': {'Packag…
id:mitszo さんに教えてもらったのでメモ http://peak.telecommunity.com/DevCenter/EasyInstall#mac-os-x-user-installationここに依ると ~/Library/Python/2.x/site-packages はカスタムインストールの場所としてのみ使え、とのこと。 そしてeasy_install…
macports に py25-biopython はあるのですが、最新バージョンは1.48に対し、これのバージョンは1.44です。というわけで以下のような感じで入れるといいのではないでしょうか。 python2.5.2 のインストール まず macports でpythonをインストールします。 sud…
ipython を初めて起動すると以下のようなメッセージが出ます。(これは mac です) 暇ができたら気にしようと思います。 Welcome to IPython. I will try to create a personal configuration directory where you can customize many aspects of IPython's fu…
WEB+DB PRESS Vol.46の [速習]Python をざっと読みました。 本の中ではez_setup.pyをダウンロードして python ez_setup.py とやってeasy_installコマンドを使えるようにしていますが、macportsを使ってる場合であれば下記のようにしてもいいと思います。 sud…
SOAPpyはKEGG APIを使うので個人的に必須のモジュールだったりします。 けどmacportsのSOAPpyは2.4用しかなくて、なんかヤです。 前回のエントリで紹介したeasy_installも使えない(pypiにない)ぽいので、自分でbuildしてみました。 まずSOAPpyをダウンロード…
普通pdbを使うと思うのですが、python入れてるのに which pdb とやっても何の反応もない場合 python -m pdb デバッグしたいpythonスクリプトのファイル名 とするといいぽいです。 emacs中のM-x pdbでも同様です。最近のvim界の盛り上がりに合わせてvim中でpd…
以下のようなの (add-hook 'python-mode-hook (function (lambda () (local-set-key "\"" 'electric-pair) (local-set-key "\'" 'electric-pair) (local-set-key "(" 'electric-pair) (local-set-key "[" 'electric-pair) (local-set-key "{" 'electric-pair…
twitterでDrkcoreのkzfmさんと、名無しのVIM使いのtaku_oさんに教えていただいた。要素が文字列なら(ipython使ってます) In [5]: foo=["hoge", "fuga", "piyo"] In [6]: bar=",".join(foo) In [7]: bar Out[7]: 'hoge,fuga,piyo' 要素が数値なら In [14]: aa…
macにipythonをソースから入れる場合、以下のようにするとguiもうまく動く。(と思う) python setup.py build sudo pythonw setup.py install --install-scripts=/usr/local/bin
TextMateのSnippetsは便利。 TextMate買おうかなと思ったけど、PayPal使うのがめんどくさかったのでemacsでなんとかした。 snippet.elをもらってきて、以下を.emacsに追加。 pythonのdefならこんな感じかな? (require 'snippet) (add-hook 'python-mode-hook…
