最近のbiopython環境構築方法について

最近はbiopythonもcvs以外にgithubでソース管理してるみたいです。そこで最近なりのbiopython環境構築方法まとめてみます。
biopythonのdependenciesにはnumpy, reportlab, MySQLdb, flexといったものがありますが、とりあえずnumpy以外のは絶対必要ってわけではないので省略します。もしグラフィックス関係とかやりたいならnumpy以外のも入れてください。
もしヘッダいれてなかったらsudo aptitude install python-dev的なこと事前にしておいてください。
それじゃ書いてみる。

とりあえずソースをとってくる

• virtualenv, numpy

cd
mkdir sources
cd sources
svn co http://svn.colorstudy.com/virtualenv/trunk virtualenv
svn co http://svn.scipy.org/svn/numpy/trunk numpy

• biopython(githubでforkしなくてもいいけどいずれ何か貢献できると信じて)
  • ここ http://github.com/biopython/biopython/tree/master でforkボタンを押す
  • git clone する。(kozo-niのとこは自分のに置き換えてください)

git clone git@github.com:kozo-ni/biopython.git

virtualenv環境を作るアンドactivate

cd
cp sources/virtualenv/virtualenv.py ./
python virtualenv.py ENV
source ENV/bin/activate

installしてく

• まずはnumpy

cd sources/numpy
python setup.py build
python setup.py install

• 次にbiopython

cd ../biopython
python setup.py build
python setup.py test
python setup.py install

buildとtest飛ばして最初にinstallしてもいけると思いますけどね。一応インタラクティブシェルとかで

from Bio.Seq import Seq

とかやってみてください。
このやり方でうまくいかんかったら教えてください。
以上。