2009-01-01から1年間の記事一覧
ネタを3つ持っていきました．Cytoscape3 と Processing-based new visualizerView more presentations from Kozo Nishida.3Dといっても目で見るものは2Dへの写像．その写像画でどういうものを可視化したいのか明確にすべき,という的確なアドバイスを頂けてよ…
最近Cytoscapeのコアデベロッパー、UCSDの大野さんが作成されたScript Engine プラグインがアップデートされ、Rubyで簡単なプラグインを書く方法を示してくれています。http://cytoscape.wodaklab.org/wiki/RubyPluginこの雛形を使わせて頂いてノードに化合…
Mavenとかで設定する際の参考に export JAVA_HOME=/Library/Java/Home export JAVA=$JAVA_HOME/bin export M2_HOME=$HOME/apache-maven-2.2.0 export M2=$M2_HOME/bin export PATH=$M2:$JAVA:$PATHみたいな感じでしょうか。 http://developer.apple.com/qa/q…
sudo aptitude install ttf-ipafontでいいんでしょうか。
最近はbiopythonもcvs以外にgithubでソース管理してるみたいです。そこで最近なりのbiopython環境構築方法まとめてみます。 biopythonのdependenciesにはnumpy, reportlab, MySQLdb, flexといったものがありますが、とりあえずnumpy以外のは絶対必要ってわけ…
最近1TのHDDが売れてるようなので、自分のサーバのHDDはどんなもんかなと思い調べてみた。 sudo hdparm -I /dev/sda /dev/sda: ATA device, with non-removable media Model Number: WDC WD1601ABYS-18C0A0 Serial Number: WD-WCAS2C304244 Firmware Revisio…
sudo aptitude install xpdf-japanese sudo aptitude install poppler-dataで多分大丈夫と思う
酵素情報データベースBRENDAは今年から結構まともなWebserviceを提供している。 http://www.brenda-enzymes.info/soap/ 上記ページではPHPとPythonでの使用例を挙げてくれている。 Pythonからの使用例中では大概返ってくる型がdictionaryになっているのだが…
いろいろあるぽいが下記リンクの設定方法が一番楽と思った。 http://moinmo.in/FeatureRequests/DisableUserCreation#Solution_for_1.7wikiconfig.pyに以下の内容を挿入する。 # stop new accounts being created actions_excluded = DefaultConfig.actions_…
vimperatorを使いつつGmailやGoogle Readerは素のキーボードショートカットで使いたいという人に便利かもしれない。 http://prism.mozilla.com/ 使い方は http://docs.google.com/ などでメニューバーのツールからConvert Website to Applicationをクリック…
こど /** * Datatype Conversion. * * It is sometimes beneficial to convert a value from one type of * data to another. Each of the conversion functions converts its parameter * to an equivalent representation within its datatype. * The conv…
こうど /** * Embedding Iteration. * * Embedding "for" structures allows repetition in two dimensions. */ float box_size = 11; float box_space = 12; int margin = 7; size(200, 200); background(0); noStroke(); // Draw gray boxes for (int i = …
コードじゃ /** * Conditionals 2. * * We extend the language of conditionals by adding the * keyword "else". This allows conditionals to ask * two or more sequential questions, each with a different * action. */ size(200, 200); background(0…
コード /** * Conditionals 1. * * Conditions are like questions. * They allow a program to decide to take one action if * the answer to a question is true or to do another action * if the answer to the question is false. * The questions ask…
コードこれ /** * Creating Colors (Homage to Albers). * * Creating variables for colors that may be referred to * in the program by their name, rather than a number. */ size(200, 200); noStroke(); color inside = color(204, 102, 0); color mi…
アニメーションに興味があるのでアニメーション見てみます。 コードこんなの /** * Sequential * by James Patterson. * * Displaying a sequence of images creates the illusion of motion. * Twelve images are loaded and each is displayed individuall…
コードこれ /** * Brightness * by Rusty Robison. * * Brightness is the relative lightness or darkness of a color. * Move the cursor vertically over each bar to alter its brightness. */ int barWidth = 5; int[] brightness; void setup() { size…
コードはこんなの /** * Move Eye. * by Simon Greenwold. * * The camera lifts up (controlled by mouseY) while looking at the same point. */ void setup() { size(640, 360, P3D); fill(204); } void draw() { lights(); background(0); // Change hei…
エントリ名の通りっす。以下urlの内容を流してみまっす。 http://processing.org/learning/gettingstarted/ インストールについて http://processing.org/download からダウンロードして適当なとこに解凍すればいいぽい。 スケッチする size(400, 400); back…
コードはこんなの /** * Array 2D. * * Demonstrates the syntax for creating a two-dimensional (2D) array. * Values in a 2D array are accessed through two index values. * 2D arrays are useful for storing images. In this example, each dot * is…
他の3DのExamplesがキツく感じたのでBasicsからを攻めることにしました。 コードはこんなの /** * Array. * * An array is a list of data. Each piece of data in an array * is identified by an index number representing its position in * the array. …
カエル日記 さんの見て ジャーナル略号-年代-著者名字-Volume-ページstart_ページend.pdf に変えた
前回のエントリで自前でProcessingのOSGiバンドルを作って、これを使おうとしてましたが、すでにid:keionoさんがリポジトリにバンドルを作って置いてくれてます。これを使わせてもらう方法を以下に書きます。まずはプロジェクトを作る pax-create-project -g…
http://mvnrepository.com/へ行って検索する
Processing の core.jar を OSGi 化するには core.jar をホームディレクトリにでもコピーする(/Applications/Processing.app/Contents/Resources/Java にある、Finderからコピる場合.appで右クリックする) core.jarをインストールする mvn install:install-f…
subversionではなくmercurial(bitbucket)を使う。 forkする id:nakao_mitsuteru さんとこへ行く http://bitbucket.org/mn3/galaxy-central-i18n/ ここでforkアイコンをクリックする あとはclone hg clone https://kozo_ni@bitbucket.org/kozo_ni/galaxy-cent…
以下eclipseとsubclipseとm2eclipse前提 ソースをチェックアウトする(core3から下からチェックアウトしたいとこだがそうではなくて、各ディレクトリ毎にチェックアウト、ビルドするらしい) まずparentのtrunkhttp://chianti.ucsd.edu/svn/core3/parent/trunk…
id:nakao_mitsuteru さんのご厚意でBiohackathonに参加させて頂いてます。 id:nakao_mitsuteru さん、そして片山俊明さん、誠にありがとうございます。 Receptionでは 大野圭一朗さん、後藤直久さん、山下理宇さん、蒔田由布子さんといった方々に話しを伺っ…
def split_seq(seq, size): return [seq[i:i+size] for i in range(0, len(seq), size)] KEGG API 使う時に100個ごとクエリ投げる時とか用。
Ruby Development Tools Subversive http://download.eclipse.org/technology/subversive/0.7/update-site/ Subversive SVN Connectors http://www.polarion.org/projects/subversive/download/eclipse/2.0/update-site/ Mylyn Connector: Trac http://downl…
