mac での biopython のインストール

mac python

macports に py25-biopython はあるのですが、最新バージョンは1.48に対し、これのバージョンは1.44です。というわけで以下のような感じで入れるといいのではないでしょうか。

python2.5.2 のインストール

まず macports でpythonをインストールします。

sudo port install python25
sudo port install python_select
sudo python_select python25

mxTextTools のインストール

ここが気を付けないといけない所と思います。
macportsのbiopythonで入るmxTextToolsのバージョンは3.1.1なのですが、biopythonのドキュメントには下記のように書かれています。

However, we currently recommend you install mxTextTools 2.0, as some of the API changes made in 3.0 version were not compatible with Biopython. Goto to download this.

というわけで下記URLから古いバージョン(2.0.6)のmxTextToolsをダウンロードします。
http://downloads.egenix.com/python/egenix-mx-base-2.0.6.tar.gz
そしてインストール

python setup.py build
sudo python setup.py install

numerical python のインストール

ドキュメントには下記のように書かれています

Biopython still uses the "old" Numerical Python (version 24.2) and has not yet switched to the "new" NumPy (currently at version 1.1.0).

macports の numerical python のバージョンは24.2なのでこれを使うことにします。(py25-ipythonを入れてる方は既に入っているかもしれません)

sudo port install py25-numeric

reportLabのインストール

reportLab のインストールに関してはドキュメント中にバージョンについての記述が無かったので、これも macports から入れることにします。

sudo port install py25-reportlab

biopythonのインストール

やっとこさbiopythonです。
http://biopython.org/DIST/biopython-1.48.tar.gz
をダウンロードして以下。

sudo python setup.py install

すると以下のように聞かれます。

Bio.KDTree *** NOT built by default

The Bio.PDB.NeighborSearch module depends on the Bio.KDTree module,
which in turn, depends on C++ code that does not compile cleanly on
all platforms. Hence, Bio.KDTree is not built by default.

Would you like to build Bio.KDTree ? (y/N)

PDBのNeighborSearchってのを使いそうかどうかで返答の選択は決めてください。
ま、こんなとこです。MySQLdbは必要になったら入れてください。
test は以下でできます。

cd biopython-1.48
python setup.py test