python製 automated download of Mascot data multifile list generation and manipulation MS/MS driven precursor extraction In-sillico

Pathway tools user's guide http://bioinformatics.ai.sri.com/ptools/installation-guide/released/ BioVelo http://biocyc.org/bioveloLanguage.html とりあえず ここ見りゃいいぽい http://bioinformatics.ai.sri.com/ptools/ Given: A PGDB for an orga…

BOSC chipster http://chipster.csc.fi/ BioSQL loading and updating NCBI taxonomy Bioperl-db load_ncbi_taxonomy.pl BiomaRt bioconductor cytoscape galaxy Biopython Bio.Entrez lightening talk gmod の gbrowse gmod の cmap BioPathways seed Next …

大野さん、荒川さんと飲み会 cytoscapeについての議論会 undo batch やっぱBINGOみたいのが一番価値があるみたい 大野さん、荒川さんとメシと飲み 荒川さんの御言葉 clustalWはダメ EMBOSSのBOSCつまらんかった。毎年同じ。 perlが一番多いらしい。pythonは…

interest starting and ending points connectivity levels of detail organism-specific information

Graphについて 隣接行列でグラフ構造は持っているらしい。 two node with the same identifier in different networks are the same nodes Attributes supports 大体ほとんどの型 同じnodeはattributeも同じ Layers Views depends on Graphs Data does't dep…

大野さん、荒川さんと飲み会 議論会 undo batch やっぱBINGOみたいのが一番価値があるみたい -

PPIとかTFと他の遺伝子のinteractionネットワークのクラスタリング ウインドウスライドでパラメーターが調節でき、それに応じてリアルタイムでクラスタリングが変わる。(エッジのcollapseがリアルタイムで変わる) bipartite regulatory networks(TFとのinter…

Clusters clusterMaker MCLとFORCE clusterExplorer Groups namedSelectionPlugin metanodePlugin2? 発現データ HOPACH(R) http://cran.r-project.org/web/packages/hopach/index.html GENMAPPとの統合

あとで整理する。 大野さんはテクノ好き 日本でperfumeが流行っているとmixiで中尾さんから聞いたらしい reason持ってるらしい コントローラはAKAIのパッドとnovationのキーボード 昔は新宿にリキッドルームがあってその頃は今と違ってテクノとかやってるク…

プラグイン人気第1位 Bingo 大野さんと会った どういう経緯でcytoscapeのコアデベロッパーになるに至ったかを聞いた 現在の問題 APIが結構複雑らしい クラスが密に関連しているらしい でAPIのリファクタリングやろうとしているらしい OSGiとSpringこの2つの…

Cytoscape retreat と ISMB 2008 に参加するためにトロントにやってきた。 デジカメは持ってきたのだがUSBケーブルを忘れたので写真は帰ってきてからここに載せることにする。

自分でelisp書けるようになりてーな、と思い立ちess-smart-underscore部分のソースを読むことにした。 ちなみにまだソースの理解はしておらず、これからその格闘を記録しようとしている。まずはタグを作成。 /home/kozo-ni/ess-5.3.7/lisp% etags *.el で、e…

以下のようなの (add-hook 'python-mode-hook (function (lambda () (local-set-key "\"" 'electric-pair) (local-set-key "\'" 'electric-pair) (local-set-key "(" 'electric-pair) (local-set-key "[" 'electric-pair) (local-set-key "{" 'electric-pair…

twitterでDrkcoreのkzfmさんと、名無しのVIM使いのtaku_oさんに教えていただいた。要素が文字列なら(ipython使ってます) In [5]: foo=["hoge", "fuga", "piyo"] In [6]: bar=",".join(foo) In [7]: bar Out[7]: 'hoge,fuga,piyo' 要素が数値なら In [14]: aa…