mavenのセントラルレポジトリにどんなモジュールがあるか確認する

http://mvnrepository.com/へ行って検索する

正直理解できてないが Processing の OSGi バンドル 作ってサンプル動かすなど

Processing の core.jar を OSGi 化するには core.jar をホームディレクトリにでもコピーする(/Applications/Processing.app/Contents/Resources/Java にある、Finderからコピる場合.appで右クリックする) core.jarをインストールする mvn install:install-f…

速攻でgalaxy開発に加わる

subversionではなくmercurial(bitbucket)を使う。 forkする id:nakao_mitsuteru さんとこへ行く http://bitbucket.org/mn3/galaxy-central-i18n/ ここでforkアイコンをクリックする あとはclone hg clone https://kozo_ni@bitbucket.org/kozo_ni/galaxy-cent…

速攻でCytoscape3.0をビルドする

以下eclipseとsubclipseとm2eclipse前提 ソースをチェックアウトする(core3から下からチェックアウトしたいとこだがそうではなくて、各ディレクトリ毎にチェックアウト、ビルドするらしい) まずparentのtrunkhttp://chianti.ucsd.edu/svn/core3/parent/trunk…

Biohackathon 1日目

id:nakao_mitsuteru さんのご厚意でBiohackathonに参加させて頂いてます。 id:nakao_mitsuteru さん、そして片山俊明さん、誠にありがとうございます。 Receptionでは 大野圭一朗さん、後藤直久さん、山下理宇さん、蒔田由布子さんといった方々に話しを伺っ…

リストを引数sizeのリストに分割して、そのリストのリストを返す関数

def split_seq(seq, size): return [seq[i:i+size] for i in range(0, len(seq), size)] KEGG API 使う時に100個ごとクエリ投げる時とか用。

eclipse(GANYMEDE) で入れるプラグイン

Ruby Development Tools Subversive http://download.eclipse.org/technology/subversive/0.7/update-site/ Subversive SVN Connectors http://www.polarion.org/projects/subversive/download/eclipse/2.0/update-site/ Mylyn Connector: Trac http://downl…

ubuntu で marble mouse を使う

とりあえずリンク貼っとく https://help.ubuntu.com/community/Logitech_Marblemouse_USB

論文pdfのオレオレ命名ルール

ジャーナル略号-年代-著者名字-ページどっからどこまでか.pdfでfaculty 1000のなら「Recommended」とか毎にディレクトリ作って dropboxかzumodriveに入れてます。

ubuntu desktop で thinkpad のトラックポイントでのスクロールを有効にする

sudo vim /etc/hal/fdi/policy/mouse-wheel.fdiそして下記入力 <match key="info.product" string="TPPS/2 IBM TrackPoint"> <merge key="input.x11_options.EmulateWheel" type="string">true</merge> <merge key="input.x11_options.EmulateWheelButton" type="string">2</merge> </match>

ubuntu desktop で $HOME 下の「文書」ディレクトリとかを英語にする

ターミナルで以下のコマンドを入力します。 LANG=C xdg-user-dirs-gtk-updateすると下記のような画面が出てきます。 後はUpdate Namesボタンを押します。 以上。

trac に XML-RPC plugin を入れる

w3m 'http://trac-hacks.org/changeset/latest/xmlrpcplugin?old_path=/&filename=xmlrpcplugin&format=zip' unzip xmlrpcplugin-r5305.zip sudo easy_install -Z ./xmlrpcplugin/trunkxmlrpcpluginのファイル名のr5305ってとこはリビジョンによって変わりま…

ubuntu に vim をソースから入れる

sudo aptitude install ruby-full python-dev libperl-dev libncurses5-dev make wget ftp://ftp.vim.org/pub/vim/unix/vim-7.2.tar.bz2 tar jxvf vim-7.2.tar.bz2 cd vim72 ./configure --enable-perlinterp --enable-pythoninterp --enable-rubyinterp --e…

mercurial で wsgi を使うときの設定

まずmod_wsgi入れて LoadModule wsgi_module modules/mod_wsgi.soみたいのを書く。mercurial.confとかいう名前でapache用の設定(とりあえずBasic認証だけ) Alias /hg /var/www/cgi-hg <Directory "/var/www/cgi-hg"> AuthType Basic AuthName "hg repo" AuthUserFile /ht/passwd/file Requ</directory>…

ubuntu desktop 64bit で EDIROL UA-3FX を使う

つなぐ 再ログインする 以上。

ubuntu desktop 64bit で adobe の Flash Player 10 alpha refresh for Linux を使う

http://labs.adobe.com/downloads/flashplayer10.htmlのDownload 64-bit Plugin for Linuxをクリックする 解凍する。するとlibflashplayer.soなるものができる mkdir $HOME/.mozilla/plugins mv libflashplayer.so $HOME/.mozilla/plugins firefox再起動 以…

ubuntuデスクトップでの今のxorg.conf

Section "Monitor" Identifier "Configured Monitor" EndSection Section "Monitor" Identifier "aticonfig-Monitor[0]-0" Option "VendorName" "ATI Proprietary Driver" Option "ModelName" "Generic Autodetecting Monitor" Option "DPMS" "true" EndSect…

Python お泊まり会に行ってきた(第5回 梅田Pythonごはんの会も行ってました...)

一昨日から京都で行われた Python お泊まり会に参加してました。四条大宮のホテルの大部屋を2部屋使って、片方でhackして、寝る時はもう片方の部屋へ行くという感じでした。id:kfuruhataさん shunuhsさん ryouseiさん kawanoさん とは初対面でした。第0回Py…

affymetrixのcelファイルとcdfファイルのフォーマットについて

マイクロアレイについてなんですが、日本人は他の人が処理した後の数値を結構平気で使ったりするのに対して、外国人は「raw data」と呼ばれる大元のintensityが載っているファイル群を用いて、自分で最初から解析用数値を出すことにこだわるように思います。…

Python旅館に実は行っていた

去年のことなんですが第0回Python旅館に行ってました。 今月に第1回があるみたいです。 やってたこととか思いつくままに箇条書きします。 最中限 Python温泉でも傍目で見てたんですが、今回初めてルールを教えてもらって対戦してもらうことでその面白さがわ…

Python忘年会に行ってきた

今日,Python忘年会に行ってきました. Python旅館にも参加してたんですが,先に忘年会の感想書きます. とりあえず聞いたことを思いつくままに箇条書きします. Kansai.ARについて Augmented Realityがどゆもんか聞いた あとPTAMとか NAISTの人が主催らしい…

GitM#1に参加してました (これも2週遅れで書かせて頂きます...)

git

先週日曜に秋葉原ダイビルで行われたGitM#1に参加しました。(場を提供して頂きました id:hajimehoshiさん有難う御座います) subversion, mercurialをちょろちょろと使う程度だったので勉強さしてもらおう、といった感じでアポなしで参加させて頂きました。 (…

VimM#3に参加しました。(2週遅れの日記です...)

vim

VimM#3に参加してました。書くの遅れまくりで関係者の方々申し訳ありません... 前半は発表、後半は質問会でした。 前半について 発表については他の方のエントリが詳しい、アンド全部書くのをサボりたい、ので4名の発表者の内下記の2方についての感想に絞ら…

undefined method `require_gem' for main:Object (NoMethodError) と出たら

エラーが出たソースの require_gem となってるところを gem と変更するといいぽい。 自分はubuntuでbiorubyシェルを起動しようとして、この問題に遭遇した。

cytoscape で とりあえず KEGGのIDだけ付いてるネットワークにアトリビュートを追加するスクリプト

$LOAD_PATH << 'gems/1.8/gems/bio-1.2.1/lib' $LOAD_PATH << 'site_ruby/1.8' $LOAD_PATH << 'site_ruby' $LOAD_PATH << '1.8' $LOAD_PATH << '1.8/java' $LOAD_PATH << 'jruby' require 'set' require 'java' require 'bio' include_class 'java.util.Arra…

ubuntuでeasy_install使ってmercurial入れようとする場合

sudo easy_install Mercurial (中略) error: Setup script exited with error: command 'gcc' failed with exit status 1こういうエラー出たら it probably means you don't have the "python-dev" package installed.ってことらしいので sudo aptitude inst…

今日の:h no.4

vim

:h !=# :h ^^

set autochdirしたい場合

vim

macportsで入れる場合なら sudo port install vim +hugeと+hugeしたらうまくいくようだ。 hugeじゃなくてもいいのかもしれんけど、hugeなら確実ぽい。

今日の:h no.3

vim

:h exists :h function :h call :h setlocal :h range() :h append :h line :h let

netrwで現在見ているディレクトリ内にファイルを作成するvimscript

vim

autocmd FileType netrw nnoremap <buffer> <Space>f :<C-u>edit <C-r>%/ id:ka-nachtさんにhttp://lingr.vim-users.jp/で教えて頂きました。多謝。</c-r></c-u></space></buffer>