cytoscape

Processing の OSGi バンドル を使う

前回のエントリで自前でProcessingのOSGiバンドルを作って、これを使おうとしてましたが、すでにid:keionoさんがリポジトリにバンドルを作って置いてくれてます。これを使わせてもらう方法を以下に書きます。まずはプロジェクトを作る pax-create-project -g…

正直理解できてないが Processing の OSGi バンドル 作ってサンプル動かすなど

Processing の core.jar を OSGi 化するには core.jar をホームディレクトリにでもコピーする(/Applications/Processing.app/Contents/Resources/Java にある、Finderからコピる場合.appで右クリックする) core.jarをインストールする mvn install:install-f…

速攻でCytoscape3.0をビルドする

以下eclipseとsubclipseとm2eclipse前提 ソースをチェックアウトする(core3から下からチェックアウトしたいとこだがそうではなくて、各ディレクトリ毎にチェックアウト、ビルドするらしい) まずparentのtrunkhttp://chianti.ucsd.edu/svn/core3/parent/trunk…

cytoscape で とりあえず KEGGのIDだけ付いてるネットワークにアトリビュートを追加するスクリプト

$LOAD_PATH << 'gems/1.8/gems/bio-1.2.1/lib' $LOAD_PATH << 'site_ruby/1.8' $LOAD_PATH << 'site_ruby' $LOAD_PATH << '1.8' $LOAD_PATH << '1.8/java' $LOAD_PATH << 'jruby' require 'set' require 'java' require 'bio' include_class 'java.util.Arra…