してみました。 kozo_ni$ sudo port install sicp 下記の場所に入っているようです。 /opt/local/share/info/sicp-1.gz /opt/local/share/info/sicp-2.gz /opt/local/share/info/sicp-3.gz /opt/local/share/info/sicp-4.gz /opt/local/share/info/sicp-5.gz…

ipython を初めて起動すると以下のようなメッセージが出ます。(これは mac です) 暇ができたら気にしようと思います。 Welcome to IPython. I will try to create a personal configuration directory where you can customize many aspects of IPython's fu…

mercurial.el の中身を見ていると下記のような記述がありました。 ;; As of version 22.3, GNU Emacs's VC mode has direct support for ;; Mercurial, so this package may not prove as useful there. というわけで M-x vc-なんとか を試してみたのですが…

kozo_ni$ sudo port install mercurial +bash_completion +zsh_completion で入れました。 /opt/local/share/mercurial/contrib/bash_completion /opt/local/share/mercurial/contrib/zsh_completion がvariants付けた成果なんでしょうか。加えて何か設定し…

以下のようなメッセージ出ました - Libraries have been installed in: /usr/local/lib If you ever happen to want to link against installed libraries in a given directory, LIBDIR, you must either use libtool, and specify the full pathname of th…

一度macportsからRを入れようと思い立ち、依存しているものをXFree86を除いてすべてmacportsで入れたのですが、最後で以下のエラーが出て通りませんでした。 checking for X... no configure: error: --with-x=yes (default) and X11 headers/libs are not a…

最近zshじゃなくてもいいか、と思うようになりmacportsでbashとbash-completionを入れました。 bash-completionを入れた際には下記のメッセージがでたのでメモ。 > Installing bash-completion 20060301_1 To use bash_completion, add the following lines …

ここ http://xquartz.macosforge.org/trac/wiki のX11を入れたあとmacportsでXFree86を入れようとすると下記のメッセージが出ました。(ターミナルの表示通りにインデントされてませんが) kozo_ni$ sudo port install XFree86 > Fetching XFree86 Error: Targ…

WEB+DB PRESS Vol.46の [速習]Python をざっと読みました。 本の中ではez_setup.pyをダウンロードして python ez_setup.py とやってeasy_installコマンドを使えるようにしていますが、macportsを使ってる場合であれば下記のようにしてもいいと思います。 sud…

pythonのはてなリング追加と、iKnowのブログパーツを追加したんですが、どっちもハマリました。 はてなリングは横に並べる方法がわからず、iKnowに関しては普通に貼りつけただけじゃ表示されない。 それぞれ下記の記事を読み解決(?)しました。 http://hatena…

SOAPpyはKEGG APIを使うので個人的に必須のモジュールだったりします。 けどmacportsのSOAPpyは2.4用しかなくて、なんかヤです。 前回のエントリで紹介したeasy_installも使えない(pypiにない)ぽいので、自分でbuildしてみました。 まずSOAPpyをダウンロード…

此間、トロント行ってた時に、爆丸とかいう子供向けのアニメがメインストリートのスクリーンにデカデカと映されていた。 こんなの爆丸 -バトルブローラーズ- 2008年カレンダー出版社/メーカー: ハゴロモ発売日: 2007/10/15メディア: カレンダー クリック: 19…

普通pdbを使うと思うのですが、python入れてるのに which pdb とやっても何の反応もない場合 python -m pdb デバッグしたいpythonスクリプトのファイル名 とするといいぽいです。 emacs中のM-x pdbでも同様です。最近のvim界の盛り上がりに合わせてvim中でpd…

Rは勝手に(シェルの?)localeを見てその言語に応じたメッセージを返してくれるようなのだが、英語のままがいい、とかいう方もいるかもしれん。 そんな場合は以下の設定をemacsの設定に入れとくといいぽい。(ESS使っていることを前提としてます) (setenv "LANG"…

carbon emacsじゃなくてterminal中でmacportsのemacsを使っている人がessをインストールしたい場合 essのtar解凍して、下記のようにMakeconfを変更する DESTDIR=/opt/local

Vim勉強会#3でsmartchr.vimというプラグインについて発表してきました。 なぜかslideshareの貼り付けができんかったのでリンクを貼っておきます。 http://www.slideshare.net/kozo_ni/vim3-presentation# あと id:ka-nacht さんがニコニコ動画に発表の模様を…

id:ka-nacht さん謹製のプラグインsmartchr.vimについて発表させてもらうことになりました。 http://www.vim.org/scripts/script.php?script_id=2290Vim勉強会#3については下記を参照してください。 http://cotocoto.jp/event/28504今週の土曜、朝9時から千…

python製 automated download of Mascot data multifile list generation and manipulation MS/MS driven precursor extraction In-sillico

Pathway tools user's guide http://bioinformatics.ai.sri.com/ptools/installation-guide/released/ BioVelo http://biocyc.org/bioveloLanguage.html とりあえず ここ見りゃいいぽい http://bioinformatics.ai.sri.com/ptools/ Given: A PGDB for an orga…

BOSC chipster http://chipster.csc.fi/ BioSQL loading and updating NCBI taxonomy Bioperl-db load_ncbi_taxonomy.pl BiomaRt bioconductor cytoscape galaxy Biopython Bio.Entrez lightening talk gmod の gbrowse gmod の cmap BioPathways seed Next …

大野さん、荒川さんと飲み会 cytoscapeについての議論会 undo batch やっぱBINGOみたいのが一番価値があるみたい 大野さん、荒川さんとメシと飲み 荒川さんの御言葉 clustalWはダメ EMBOSSのBOSCつまらんかった。毎年同じ。 perlが一番多いらしい。pythonは…

interest starting and ending points connectivity levels of detail organism-specific information

Graphについて 隣接行列でグラフ構造は持っているらしい。 two node with the same identifier in different networks are the same nodes Attributes supports 大体ほとんどの型 同じnodeはattributeも同じ Layers Views depends on Graphs Data does't dep…

大野さん、荒川さんと飲み会 議論会 undo batch やっぱBINGOみたいのが一番価値があるみたい -

PPIとかTFと他の遺伝子のinteractionネットワークのクラスタリング ウインドウスライドでパラメーターが調節でき、それに応じてリアルタイムでクラスタリングが変わる。(エッジのcollapseがリアルタイムで変わる) bipartite regulatory networks(TFとのinter…

Clusters clusterMaker MCLとFORCE clusterExplorer Groups namedSelectionPlugin metanodePlugin2? 発現データ HOPACH(R) http://cran.r-project.org/web/packages/hopach/index.html GENMAPPとの統合

あとで整理する。 大野さんはテクノ好き 日本でperfumeが流行っているとmixiで中尾さんから聞いたらしい reason持ってるらしい コントローラはAKAIのパッドとnovationのキーボード 昔は新宿にリキッドルームがあってその頃は今と違ってテクノとかやってるク…

プラグイン人気第1位 Bingo 大野さんと会った どういう経緯でcytoscapeのコアデベロッパーになるに至ったかを聞いた 現在の問題 APIが結構複雑らしい クラスが密に関連しているらしい でAPIのリファクタリングやろうとしているらしい OSGiとSpringこの2つの…

Cytoscape retreat と ISMB 2008 に参加するためにトロントにやってきた。 デジカメは持ってきたのだがUSBケーブルを忘れたので写真は帰ってきてからここに載せることにする。

自分でelisp書けるようになりてーな、と思い立ちess-smart-underscore部分のソースを読むことにした。 ちなみにまだソースの理解はしておらず、これからその格闘を記録しようとしている。まずはタグを作成。 /home/kozo-ni/ess-5.3.7/lisp% etags *.el で、e…