wgetとemacsでftpつないでデータを取得

linux emacs

今日KEGGからデータを取得する際に

  • emacsでftpつないで情報取得
  • pythonで処理してwgetのinput作成
  • wgetのiオプションでさっきのを食わせる

ということをした。
まずemacs

M-x ftp
Ftp to Host: ftp://ftp.genome.jp/pub/kegg/genes/

こんな感じでftp探索できる。ここで得た３文字生物種名をpythonで処理して下記のようなwgetを作成した

head wgetInputKeggEnzyme.dat
ftp://ftp.genome.jp/pub/kegg/genes/organisms/aae/aae_enzyme.list
ftp://ftp.genome.jp/pub/kegg/genes/organisms/aau/aau_enzyme.list
ftp://ftp.genome.jp/pub/kegg/genes/organisms/aav/aav_enzyme.list
ftp://ftp.genome.jp/pub/kegg/genes/organisms/aba/aba_enzyme.list
ftp://ftp.genome.jp/pub/kegg/genes/organisms/abm/abm_enzyme.list

あとはこれをwgetに食わせた

wget -i wgetInputKeggEnzyme.dat

終わり。